Was ist eine BED datei?
Eine BED-Datei (bedeutet Browser Extensible Data-Datei) ist ein Textdokument, das als Speicherort für Tabular-Strukturdaten dient, die an Bioinformatik-Software wie die UCSC Genome Browser-Software und Softwaresuite IGV weitergegeben werden. Alle Tabelleneinträge müssen als voneinander getrennte Zeilen im Dateiformat angegeben werden, wobei jeder Eintrag durch einen benutzerdefinierten Trennzeichen kennzeichnet.
Ein typisches Beispiel für eine BED-Datei ist die Definition der Exons eines bestimmten Gens: Der Schrittbestandteile-Header muss in jeder Zeile als erste Spalte angegeben werden in dem Format 'chr', gefolgt vom Chromosomnamen, 'Start' als zweite Spalte mit dem Gen startenden Nucleotid sowie 'Stop' als dritte Spalte mit dem Endnucleotid des Gen. Alle anderen Informationen sollten optional hinzugefügt werden und müssen in den restlichen Säulen platziert werden.
Verwandte Dateierweiterungen
Die am häufigsten verwandten Dateierweiterungen, die im Zusammenhang mit BED stehen, sind GTF, GFF, GFF3, BAM, BEDGRAPH, BIGBED, BEDPE, BIGWIG.
Liste von Programmen, die BED-Dateien öffnen können
Wie öffne ich eine BED-Datei?
Das Befolgen der unten aufgeführten Punkte wird das Problem wahrscheinlich lösen.
Um eine UCSC BED Annotation Track Format-Datei zu öffnen, ist eine Anwendung erforderlich, die die darin gespeicherten Daten korrekt interpretieren kann. Wenn kein solches Programm vorhanden ist, müssen Sie die Installationsversion besorgen und das Programm auf das System hochladen. Diese Aktivität ist weitgehend automatisiert und kann von jedem Benutzer selbst durchgeführt werden. Um eine UCSC BED Annotation Track Format-Datei zu öffnen, müssen Integrated Genome Browser oder alternativ Programme wie Genome Browser, InfoSnorkel installiert sein.
Schritt 2Die Systemregistrierung enthält keine Informationen darüber, welches Programm zum Öffnen von BED-Dateien verwendet werden sollte. Die Angabe des Standardprogramms zum Öffnen einer Datei erfolgt meistens durch Anzeigen ihrer Eigenschaften und Drücken der Schaltfläche "Ändern" neben dem Programm zum Öffnen. Wenn Sie die entsprechende Anwendung für die Datei UCSC BED Annotation Track Format auswählen, wird sie geöffnet. Solche Informationen werden in der Systemregistrierung gespeichert und Dateien dieses Typs werden automatisch in der vom Benutzer angegebenen Anwendung geöffnet.
Schritt 3Die Daten in der Datei sind inkonsistent oder falsch geschrieben. Diese Situation ist am typischsten für Dateien, die von externen Quellen auf das System kopiert wurden. Versuchen Sie nach Möglichkeit, die Datei erneut zu kopieren oder vom Originalmedium zu öffnen.
Schritt 4Das Antivirenprogramm erkennt einen Virus in der Datei UCSC BED Annotation Track Format. Meistens trifft dies auf Dateien zu, deren Quelle unzuverlässig ist. Folgen Sie in diesem Fall den Meldungen des Virenschutzes des Systems. Nach der gesamten Operation wird empfohlen, das gesamte System mit einem Virenscanner zu scannen.
Schritt 5Nur das richtige Betriebssystem gewährleistet die korrekte Handhabung der Datei UCSC BED Annotation Track Format. UCSC BED Annotation Track Format ist eine Datei, die mit Betriebssystemen wie Linux, Mac OS, Web, Windows kompatibel ist.
Schritt 6Der Benutzer hat eingeschränkte Rechte auf dem System und kann die Datei UCSC BED Annotation Track Format nicht öffnen. Wenden Sie sich in diesem Fall an Ihren Systemadministrator.