.FASTA Dateiendung

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FASTA Endung
Langform FASTA Sequence Format
Kategorie Datendatei
Hersteller N/A
Popularität 3.5 / 5

Inhalt

FASTA-Dateiformat-Spezifikation

Element Beschreibung
Dateiendung .fasta
MIME-Typ application/x-fasta
Zeichencodierung ASCII
Datentyp Biologische Sequenzinformationen
Struktur Textbasiert
Proteinsequenzen Single Letter Aminosäurecodes
Nukleotidsequenzen Single Letter Basenpaare
Headerzeichen > (Größer-als-Zeichen)
Zeilenlänge Maximal 80 Zeichen (konventionell)
Zeilenumbruch LF (Line Feed)
Standardformat NCBI FASTA
Bemerkungenzeilen Erlaubt vorhergehend mit ; (Semikolon)
Unterstützte Zeichen A, T, C, G (DNA), und verschiedene Aminosäuren für Proteine

Was ist eine FASTA datei?

Dateien mit der Dateiendung FASTA speichern Daten zu Nukleinsäuresequenzen oder Proteinsequenzen. Das FASTA-Dateiformat ist in der wissenschaftlichen und akademischen Gemeinschaft beliebt. Benutzer können auch ihre eigenen Kommentare und Anmerkungen zu einzelnen Zeilen und Sequenzen in Dateien mit der FASTA-Dateiendung hinzufügen.

Liste von Programmen, die FASTA-Dateien öffnen können

FAQs und Anleitungen

1. FASTA-Dateiformat öffnen

Schritte zum Öffnen einer FASTA-Datei:

  1. Installiere Notepad++ 🛠️: Lade Notepad++ von der offiziellen Website herunter und installiere es.
  2. Öffne Notepad++ 📂: Starte Notepad++ nach der Installation.
  3. Importiere die FASTA-Datei 📝: Klicke auf Datei > Öffnen... und wähle die FASTA-Datei aus, um sie in Notepad++ anzuzeigen.

Detailliertere Analysen erfordern spezialisierte Programme wie BioEdit oder MEGA.

2. FASTA-Datei in Excel umwandeln

  1. 💻 Notepad++ herunterladen und installieren

  2. 📂 Öffne die FASTA-Datei in Notepad++
  3. 🔄 Alle Zeilenumbrüche entfernen:
    • Drücke Strg + H
    • Suche nach: \r\n
    • Ersetze mit: nichts (Feld leer lassen)
    • Aktiviere Regulär im Suchmodus
    • Klicke auf Alles Ersetzen
  4. 📜 FASTA Überschrift finden:
    • Suche nach: ^>
    • Aktiviere Regulär im Suchmodus
    • Notiere die Position der Überschriftzeilen
  5. 📊 CSV-Format vorbereiten:
    • Jede Überschrift mit einer Sequenz in einer neuen Zeile platzieren
    • Zeilen trennen mit Komma: ,
  6. 💾 Speichere die Datei als .csv:
  7. 📈 Öffne die CSV-Datei in Excel

3. Unterschied zwischen FASTA und FASTQ

Merkmal FASTA 📄 FASTQ 📜
Inhalt Nukleotid- oder Aminosäuresequenzen Nukleotidsequenzen mit Qualitätswerten
Header Eine Zeile beginnt mit > Vier Zeilen: @ für Header
Sequenzqualität Keine Qualitätsscores Scores in dritter Zeile
Verwendung Referenzsequenzen, Datenbanken Sequenzierungsergebnisse

4. FASTA-Sequenz bearbeiten

Schritte zur Bearbeitung einer FASTA-Sequenz:

  1. Texteditor öffnen: Verwenden Sie einen einfachen Texteditor wie Notepad++ oder Visual Studio Code.
  2. FASTA-Datei laden 📂: Öffnen Sie die FASTA-Datei im Editor.
  3. Beschreibungslinie identifizieren: Die erste Zeile beginnt mit einem '>' und enthält die Beschreibungsinformation.
  4. Sequenz bearbeiten 📝: Bearbeiten, kopieren oder entfernen Sie Sequenzen in den Folgelinien unterhalb der Beschreibungszeile.
  5. Änderungen speichern 💾: Speichern Sie die Datei im gleichen Format (*.fasta).

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